沉积物中有机氮来源于浮游植物、细菌和高等植物。以蛋白质形式存在的氨基酸组成了生物有机体的主要含氮结构。不同的沉积物中氮的含量差别比较大,但总体上含量较低。有机氮化物在早期成岩过程中由于微生物的作用或化学矿化作用,或以N_2和NH_3方式失去,或转化为更稳定的组分,最终转化为干酪根。天然气中的氮有不同的来源。既可来自深部岩浆或古大气,又可来源于有机氮化物在热演化成烃过程中的释放。原油中的含氮化合物大部分存在于具有高分子量和高沸点的非烃和沥青质中,以多环芳烃的形式存在。油气在运移过程中由于粘土矿物的吸附和脱沥青作用而失去氮化物,在储层中由于热力作用有机氮以N_2和NH_3的形式失去。